ハウジングエアコンやマルチエアコンも登録可能になっていますが、その場合、どの型番・製造番号を登録すればよいでしょうか？

普通のルームエアコンのように、セット品番がある商品の場合は、セット品番で登録して下さい。
セットでの品番が無く、室内機と室内機の任意の組合せの出来る商品の場合は、室外機の型番・製造番号を登録して下さい。室外機と室内機をそれぞれ別に登録する必要はありません。