ボディとレンズのキットが、一つの商品として商品コードなどが設定されている物であれば、一つの登録で保証対象となります。
例：http://cweb.canon.jp/eos/lineup/kissx9i/index.html

ただし、レンズ単体では保証対象外のため、レンズの保証書が別になっている場合はボディのみの保証となります。