メーカー修理で、修理不能のため修理代金相当で新品と機種交換することになったが、これは代替品請求になるのですか？

この場合は、代替品請求では無く、通常の修理代金請求になりますので、交換した商品を「部品」と考えて、通常の修理代金請求を行って下さい。
また、交換した場合、品番や製造番号が変わりますので、交換時に必ず対象商品変更の手続きを行って、交換機種の型番と製造番号の報告お願いいたします。